Struktur asas Vaishnavisme seperti yang didedahkan dalam beberapa sumber awal seperti Narayaniya ialah bahawa Vishnu-Narayana sebagai Tuhan Maha Esa dan bahawa Bhakti pada-Nya adalah jalan utama untuk mencapai Moksha atau kebebasan muktamad. Namun, perbezaan dalam mengutarakan idea-idea ini oleh guru-guru berlainan, telah melahirkan pelbagai sub-mazhab dan kultus dalam Vaishnavisme. Beberapa sub-mazhab ini yang utama boleh dikelaskan seperti berikut.

Alvar

(artikel utama: Sri Vaishnavisme)

Golongan Alvar merupakan guru-guru Vaishnava yang paling awal. Mereka berasal dari Tamil Nadu, India dan hidup antara kurun ke-2 hingga kurun ke-8 Masihi. Guru-guru mistikal ini terdiri daripada pelbagai kasta termasuk seorang wanita (Andal).

Ajaran Alvar ialah bahawa Vishnu-Narayana ialah Tuhan Maha Esa dan Bhakti pada-Nya adalah jalan untuk mencapai Moksha.

Mereka menerima Avatara atau Jelmaan Tuhan Vishnu seperti Sri Ramachandra dan Sri Krishna. Mereka juga memberikan keutamaan kepada pemujaan ritual atau arca dengan kepercayaan kuat bahawa Tuhan menjelma dengan rupa halus dalam arca semasa pemujaan dan sembahyang.

Ramanujacharya

(artikel utama: Sri Vaishnavisme dan Ramanujacharya)

Bagi Ramanujacharya, Brahman atau Isvara dalam Vedanta ialah Narayana (atau Maha Vishnu) yang sentiasa ditemani oleh Sri atau Lakshmi. Narayana mencipta atau mencerminkan dunia ini dengan Prakrti-Nya (sifat semulajadi) iaitu acit (benda bukan hidup) dan cit (benda hidup, roh individu). Narayana memelihara ciptaan-Nya dan pada akhir suatu zaman, menariknya kembali.

Sri atau Lakshmi ialah pasangan-Nya dan penjelmaan kurniaan-Nya. Sri membantu seseorang mendapat apa yang dia mahu daripada Narayana, termasuk kebebasan. Bhakti atau iman pada kedua-dua Sri dan Vishnu-Narayana adalah penting untuk mendapat kebebasan.

Oleh kerana Ramanuja memberikan kepentingan yang sama kepada Sri dengan Vishnu-Narayana, maka, sistemnya dikenali sebagai Sri Vaishnavisme.

Madhvacharya

(Artikel Utama: Madhvacharya, Dasakuta, Dvaita Vedanta Darsana)

Madhvacharya (1238-1317 Masihi) ialah ahli falsafah Hindu yang memberikan Vaishnavisme suatu dasar yang kukuh dan menjadikannya sebuah agama yang popular dalam masyarakat. Falsafahnya dikenali sebagai Dvaita Vedanta, boleh dirumuskan seperti berikut:

• Srihari (Vishnu-Narayana) adalah kebenaran yang ulung dan Dia boleh dikenali hanya melalui Veda.
• Dunia adalah benar.
• Semua Jiva atau roh individu adalah berasingan dan bergantung kepada Srihari. Terdapat perbezaan status dan kualiti dalam Jiva.
• Mukti atau kebebasan ialah sebenarnya mengalami atau menyedari sifat semulajadi seorang Jiva sebagai Ananda atau Nikmat Abadi.
• Mukti diperolehi dengan memupuk Bhakti yang suci pada Srihari.

Daripada falsafah Bhakti ini wujud pelbagai perkara-perkara berkaitan seperti pemujaan ritual, menyanyikan lagu-lagu suci, juga kebangkitan gerakan Bhakti yang teratur.

Nimbarka

Falsafah Nimbarka (kurun ke-12 Masihi) dikenali sebagai Dvaitadvaita.

Tuhan atau Parabrahman ialah Sri Krishna, iaitu realiti bebas yang agung. Jivatman atau roh individu adalah tidak terkira dan bersaiz atom. Prakrti ialah benda bukan hidup yang melahirkan dunia ini. Jiva dan Prakrti adalah realiti yang bergantung pada Parabrahman dan tidak boleh dipisahkan daripada Parabrahman. Perhubungan ini adalah seperti perhubungan antara ombak dan laut atau matahari dengan cahayanya.

Bhakti pada Sri Krishna dan Srimati Radha, berserah pada Mereka dan mematuhi guru rohani adalah jalan untuk mencapai kebebasan.

Nimbarka juga adalah orang pertama yang memperkenalkan Srimati Radha sebagai Shakti-Krishna atau pasangan-Nya.

Ramananda

Ramananda telah menjadi seorang rahib menurut tradisi Ramanuja. Namun, selepas itu, Ramananda telah tercicir daripada Sri Vaishnavisme Ramanuja dan memulakan gerakan Bhakti pada Sri Rama. Menurut Ramananda, Bhakti pada Sri Rama adalah jalan untuk mencapai Mukti. Gerakannya juga menerima pengikut daripada semua kasta tanpa sekatan.

Antara pengikut-pengikutnya yang terkenal ialah Kabirdas, Sena, seorang tukang gunting rambut dari Maharashtra, dan Padmavati, seorang wanita. Tulasidas (1532-1623 Masihi) juga adalah seorang pengikut gerakan ini.

Gerakan ini berjaya menyebarkan Vaishnavisme dengan menjadikan Sri Rama sebagai Tuhan Maha Esa.

Kabirdas

Antara pemimpin-pemimpin gerakan Bhakti pada zaman pertengahan, Kabir (1440-1518 Masihi), dikatakan seorang Muslim, adalah seorang pengikut Ramananda. Gerakan ini menyebarkan kepercayaan dan iman pada Sri Rama dengan mengetepikan pelbagai amalan masyarakat. Dengan peredaran masa, pengikut-pengikutnya membentuk suatu kultus berasingan atas namanya sendiri sebagai Kabirpanthis.

Vallabha

Vallabha (1473-1531) berasal dari negeri Telugu (Andhra Pradesh). Kemudian, beliau berpindah ke Vrindavan. Beliau bukan sahaja seorang Bhakta yang hebat tetapi juga seorang sarjana agama. Beliau juga memperkukuhkan gerakan Krishna Bhakti.

Vallabha seorang yang berumahtangga. Beliau mengajar cara mudah penyembahan dan penyerahan diri sepenuhnya kepada Sri Krishna. Beliau juga menerima pengikut daripada semua kasta dan agama. Pengikut-pengikutnya membina kuil-kuil Krishna dan menyebarkan agama mereka.

Sumbangan khas Vallabha ialah memperkenalkan Pustimarga (jalan khasiat rohani) yang menyarankan penyerahan penuh pada Tuhan selepas menerima Diksha daripada guru rohani yang bertauliah.

Caitanya

(Artikel Utama: Sri Krishna Caitanya)

Sri Krishna Chaitanya juga dikenali sebagai Caitanya Mahaprabhu berasal dari Bengal. Beliau merupakan salah seorang pemimpin hebat Gerakan Bhakti.

Sumbangan utamanya ialah memperkenalkan Sankirtan - nyanyian lagu-lagu suci mengenai Sri Krishna secara kumpulan dan menari dengan nama-Nya.

Caitanya menyebarkan falsafah Acintyabhedabheda dan mencuba untuk menghapuskan perbezaan kasta dalam kalangan penganut-penganutnya.

Caitanya dipercayai sebagai jelmaan bersatu Sri Krishna dan Srimati Radha.